Desde su fundación el club perteneció, como rama de Fútbol, al Club Deportivo de la Universidad de Chile, entidad polideportiva dependiente de la Universidad de Chile. Sin embargo, en 1980 se separó formalmente de este y pasó a denominarse jurídicamente como «Corporación de Fútbol Profesional de la Universidad de Chile». Tras la quiebra de este último, es administrado por la sociedad anónima Azul Azul S.A.
Himno
El himno del club deportivo fue creado en 1933 por un conjunto de estudiantes de arquitectura de la Universidad de Chile, quienes inspirados en la noche a bordo del barco Reina del Pacífico, que se dirigía a Antofagasta, crearon la letra y los versos, mientras que Julio Cordero Vallejos, miembro de ese grupo de estudiantes, compuso la melodía y acuñó la frase Romántico Viajero, como nombre oficial del himno. Luego, Cordero mandó a inscribir a su nombre el himno y la letra a la Biblioteca Nacional, por lo que se le reconoce la autoría oficial, pero reiterando siempre que la letra fue aporte de todos sus compañerosBarras organizadas
Desde mediados de los años 1990, la barra brava de Universidad de Chile, denominada Los de Abajo adquirió notoriedad nacional debido a los incidentes violentos producidos en los partidos de su equipo, acentuándose para los superclásicos contra Colo-Colo. Los constantes enfrentamientos con la policía uniformada y los destrozos que produjeron fueron los principales motivos para la promulgación de la ley de violencia en los estadios.Dicha ley exhorta a las barras a empadronarse, es decir, registrar a sus miembros en caso de que alguno de ellos provoque algún altercado dentro del estadio, a cambio de algunos beneficios como la obtención de entradas más baratas. La ley ha sido duramente criticada debido a no obligar de manera concreta el empadronamiento, dejando la decisión al propio hincha.